DE RESTAURATIE
Al vanaf 2004 wordt het kerkgebouw, afhankelijk van subsidiestromen, in fasen gerestaureerd: Eerst de plebanie, daarna de straalkapellen, het koor en het transept en nu het schip. De restauratie van het imposante westwerk met de twee torens zal naar verwachting in 2017 worden opgeleverd. Uitgangspunt voor restauratie was natuurlijk in eerste instantie het herstel van de vele bouwkundige gebreken aan goten, daken, ramen en aan natuurstenen en bakstenen onderdelen. Daartoe is een specifiek productieproces in gang gezet om de aangetaste bijzondere vormstenen te vervangen in nieuw materiaal met exact hetzelfde uiterlijk.

RECONSTRUCTIE EN BEELDENDE KUNST
Naast dit ambachtelijk herstel is draagvlak gevonden voor reconstructie van verloren gegane elementen, zoals bijvoorbeeld de rijke kleuruitmonstering aan het exterieur. Was de kathedraal voorheen gesierd door grijs ogende natuursteen, nu zijn hier de gekleurde details op basis van kleuronderzoek teruggebracht. Ook maakte de opdrachtgever zich sterk voor toevoeging van nieuwe elementen. Zo zijn in het schipgedeelte 16 nieuwe glas in loodramen toegevoegd naar ontwerp van beeldend kunstenaar Jan Dibbets. Het binnenvallend licht wordt nu gekleurd door figuraties in glas, zoals het ook door Joseph Cuypers was bedoeld.

KATHEDRAALMUSEUM
In de crypte onder het koor is de ruimte geschikt gemaakt voor museaal gebruik. In dit KathedraalMuseum worden de kostbare kerkelijke museumstukken tentoongesteld. Op borden is de geschiedenis en de restauratie van de Nieuwe Bavo in woord en beeld gebracht.